具體來說，兩者的區(qū)別表現(xiàn)在以下五個方面：
——目標(biāo)不同。在職能化管理中，科層制的管理體系使得每個部門、每個員工都以取悅自己的上級為目標(biāo)，因為上司掌握著員工的職級、薪酬。這樣，各個部門的目標(biāo)、利益往往不一致，有時甚至發(fā)生沖突，導(dǎo)致整個企業(yè)的目標(biāo)和利益也難以統(tǒng)一。在流程化管理中，強調(diào)以共同的最終輸出為目標(biāo)，每個環(huán)節(jié)都不是彼此孤立的，都是為這一目標(biāo)服務(wù)的。一套規(guī)范的完成工作的程序并不意味著就是流程，真正的流程管理應(yīng)該是每個環(huán)節(jié)都以流程最終輸出結(jié)果為目標(biāo)。相關(guān)人員都要對流程輸出負(fù)責(zé)，要優(yōu)化自己的工作，并及時發(fā)現(xiàn)和解決異常情況。
——視角不同。職能化管理以各部門/專業(yè)工作為視角，強調(diào)個別部門/個別專業(yè)的績效，通常以內(nèi)部專業(yè)管理為中心。而流程化管理則把全局性、整體性作為視角，它把整個業(yè)務(wù)、管理活動看作一個流程系統(tǒng)，注重過程的連續(xù)性，將流程中涉及的下一個部門看作內(nèi)部顧客，每項活動都面向內(nèi)部顧客需求，最終使得整個流程系統(tǒng)相互銜接，環(huán)環(huán)相扣，共同滿足客戶的需求。如果把企業(yè)的效率、效益看作木桶，那么根據(jù)木桶原理，其容量由最短的木板，也就是最弱的專業(yè)決定。職能化管理關(guān)注的是各個木板的長度，各專業(yè)部門都要努力加強本專業(yè)的技術(shù)、管理水平，但各專業(yè)之間的匹配、聯(lián)系卻被忽略了。流程化管理則在關(guān)注各專業(yè)能力的基礎(chǔ)上，關(guān)注專業(yè)對整個流程輸出的貢獻(xiàn)以及專業(yè)能力之間的協(xié)調(diào)性，通過不斷尋找、優(yōu)化企業(yè)的“短板”，達(dá)到提高企業(yè)整體績效的目的。
——工作模式不同。在職能化管理中，職能部門以專業(yè)劃分，在企業(yè)中形成一個個的利益中心，部門之間的邊界極為明顯，工作流程往往在部門內(nèi)完成，一旦涉及其他部門，則要通過上級領(lǐng)導(dǎo)甚至公司老總來協(xié)調(diào)。在流程化管理中，則采取打破組織界限，組建跨部門虛擬團(tuán)隊的工作模式。正如摩托羅拉公司的首席執(zhí)行官George Fisher所說，“組織不是用來服務(wù)客戶的，它是維持內(nèi)部秩序的。對客戶而言，公司內(nèi)部的結(jié)構(gòu)不僅是無意義的，甚至還造成了服務(wù)上的障礙。組織圖是垂直的而服務(wù)客戶則是水平的”。在流程化管理模式下，涉及多個部門的客戶服務(wù)不必通過上級的層層命令、協(xié)調(diào)，而由相關(guān)部門組成虛擬團(tuán)隊來完成，它們不再局限于專業(yè)條線管理范圍內(nèi)，而是一個個橫向溝通、協(xié)作的項目小組。
——文化不同。在職能化管理的企業(yè)中，容易孳生官僚、唯上、本位主義、文牘主義的企業(yè)文化，組織類似金字塔形的結(jié)構(gòu)，絕大多數(shù)人處于三角形的下部，層級式的管理向上延伸，員工的職業(yè)發(fā)展通道往往就是層級的升遷，一旦“當(dāng)官”，地位、權(quán)利、薪酬都將改觀，因此員工往往看重工作是否達(dá)到領(lǐng)導(dǎo)滿意，而不關(guān)心顧客是否滿意、企業(yè)是否實現(xiàn)價值。此外，職能化管理往往要通過公文、報告、表格的檢查校對等手段來實現(xiàn)層層管理，從而導(dǎo)致公文主義、辦事效率大大降低。
相反，流程化管理提倡的文化是無邊界合作的、學(xué)習(xí)型的、追求實效的。正如前面所提到的，流程化管理要在企業(yè)內(nèi)建立跨部門的團(tuán)隊合作模式。這樣的工作方式必須依托各部門主動換位思考、團(tuán)結(jié)協(xié)作的文化。各個部門和崗位不僅要掌握本專業(yè)在流程中的職責(zé)、技能，還要了解整個流程是如何運作的、上下游環(huán)節(jié)是誰、如何提高整個流程的輸出績效等等。
總之，職能化管理與流程化管理是兩種截然不同的管理理念，職能化管理模式形成的是一套金字塔形的層級命令控制體系，而流程化管理模式形成的是一套以流程目標(biāo)為導(dǎo)向的扁平化的管理體系，前者的穩(wěn)定性強，靈活性差，而后者更加靈活，往往可以根據(jù)輸入的變化對企業(yè)流程進(jìn)行動態(tài)的、系統(tǒng)的調(diào)整，但是需要較高的流程控制和管理能力。